“我认为科技体制改革是相对独立于其它领域的。”
同样是体制改革的问题，北大生命科学院院长饶毅认为，“相对独立”是科技体制改革与其它领域改革的不同之处。也正因如此，改革的进程则更多取决于我们在多大程度愿意改变这个体制。
关于国家推动科技体制改革的意志，刚刚结束的全国科技创新大会通过了《关于深化科技体制改革 加快国家创新体系建设的意见》（以下称“意见”），而且官方媒体还将大会定性为“一次深化科技体制改革的动员大会”。
可以看到，科技体制改革已成为我国未来改革与发展的重点。
科技部部长万钢在阐述意见的背景时指出，“应对世界新科技革命和产业变革，加快转变经济发展方式，需要对科技体制机制作出相应调整。”而且“我国科技体制机制还存在一些突出问题，需要通过深化改革加以解决”。
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经费使用效率不高
转变经济发展方式和调整经济结构是我国目前经济建设的主线，而一个普遍的共识是，科技在这个过程中发挥着支撑的作用。这也使科技体制改革的问题显得更为紧迫。
万钢将影响我国科技创新的问题归结为四类，包括原始创新能力不足、关键技术自给率低，资源配置当中的行政因素太多，科研管理的方式不能完全符合创新的规律，以及人才培养的环境还不够优化。在诸多影响我国科技创新的因素方面，饶毅认为其中的突出表现是在经费管理体系不健全、经费使用效率不高等方面。
早在2010年，饶毅和清华大学生命科学院院长施一公曾联合撰文探讨我国的科研基金分配体制问题。该文的英文版，以社论的形式发表在当年9月份的美国《科学》杂志上。
近年，国家在科研方面的投入在不断增加。饶、施二人在文中曾提到，中国政府投入的研究经费以每年超过20%的比例增加，这“超过了中国最乐观的科学家们的预期”。而从此次科技大会释放出的信息可以看到，未来政府对科技的投入力度还将继续加大，形成多元化、多层次、多渠道的科技投入体系，并实现2020年全社会研发经费占国内生产总值2.5%以上的目标。
谈及如此庞大的科研经费如何分配时，饶、施提及了一个圈内“公开的秘密”：作好的研究不如与官员和他们赏识的专家拉关系重要。而出现这种现象的原因，则是负责项目评审的委员会常“听从”官员的意见并与之合作。
“最近十多年来，国家经济发展高速、对科技要求提高、对科技投入经费大量增加，而体制没有相应改变。”饶毅说，“一些科技管理部门忙于分配经费，而国家没有从高层全面检阅我国的科技体制做出相应的改革，有些势力还阻挠改革。”